此牛，勿让人接触其痂皮，并承诺日后还会再来查看。赵家得了钱，自然满口答应。
废弃小院中，三名死囚被单独隔离在三间相邻的、经过硫磺熏蒸的净室。刘神威在李瑾的“理论指导”下，将痂皮研磨成极细的粉末，与少量蒸滤放凉的无菌水混合，调成稀糊。然后，用煮沸过的银针，蘸取糊状“痘苗”，在每名死囚的左臂外侧，轻轻划破一道极浅、约半寸长的表皮，抹上痘苗，覆以洁净纱布。
接下来，便是漫长而焦灼的等待观察期。刘神威带着一名学徒，亲自住在小院隔壁，每日数次为三名死囚检查体温、观察划痕处反应、询问身体状况，并详细记录。李瑾虽不能亲临，但每日都能通过特定渠道得到刘神威递出的记录副本。
第一天，划痕处轻微红肿，三人皆无异常。
第二天，划痕处红肿稍增，其中两人有轻微发热（约三十七度五），一人无恙。
第三天，红肿处开始出现细小水疱，三人皆有低热，但精神尚可，食欲未减。
第四天，水疱增大，清澈明亮，体温在三十七度八至三十八度二之间徘徊，三人自述局部瘙痒、微痛，有轻微乏力感，但无头痛、恶寒、全身出疹等严重症状。
第五天，水疱达到最大，个别开始变得浑浊，体温最高一人也未超过三十八度五。刘神威记录：三人“虽有热，然神清，问答如流，可进粥食”。
第六天，水疱开始干燥、结痂，体温逐渐恢复正常，局部瘙痒减轻。
第七天，痂皮形成，三人除手臂结痂处外，全身再无新出皮疹，饮食、睡眠、精神几乎恢复正常。
整个过程中，三名死囚的症状，与之前昭行坊赵家妇人描述的经历极为相似：局部反应为主，伴有短暂低热和轻微全身不适，但无任何危及生命的严重症状，更未出现全身性、脓疱性的天花典型皮疹！
刘神威激动得手都在颤抖，在第八日的记录末尾写道：“试种三人，皆顺利出‘痘’，其症轻微，七日而安，现痂皮将脱。较之人痘之凶险，不啻天渊。牛痘预防人痘之说，或可成矣！” 他将记录和亲自绘制的手臂痘痕演变图，一同密呈皇帝。
与此同时，东宫太子的病情，在太医署竭尽全力、王皇后亲自督护下，似乎也勉强稳住了，没有继续恶化，但亦无好转迹象，持续低热，脓疱缠绵，咳喘时轻时重，人已消瘦脱形，终日昏沉。皇帝李治承受着巨大的精神压力，一方面忧心太子，一方面又盼着那虚无缥缈的“牛痘”试验能带来一丝曙光。
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