百福殿偏殿，君臣继续谈话，议题仍旧与府兵有关。其实早在开皇十年，杨坚就对大隋军队和府兵进行了一次大改革。杨坚之所以在这时候改革军事制度，是有周到考虑的，因为在此之前要加强军事力量，完成统一全国的大业，不便匆忙改革军制，以免影响统一大业的顺利进行，南陈现在亡国了、国家统一了，杨坚认为很有必要裁减军队、休养生息。
杨坚于是下诏说「魏末丧乱，宇县瓜分，役车岁动，未遑休息。兵士军人，权置坊府，南征北伐，居处无定。家无完堵，地无包桑，恒为流寓之人，竟无乡里之号。朕甚闵之。凡是军人，可悉属州县，垦田籍账，一与民同。军府统领，宜依旧式。罢山东、河南及北方缘边之地新置军府。」
这道诏书回顾西魏、北周实行府兵制以来的历史背景，并在新的历史条件下对府兵进行改革，令府兵士兵「垦田籍账，一与民同」，使府兵与农民同属州县，并从法律上将兵民分治改为军民结合，最终完成了兵农合一，使府兵制与均田制结合起来，成为均田制度下的军事制度。而在府兵的统帅方面，杨坚又沿用西魏、北周的十二大将军遗制，以十二卫为中枢掌管军事的管理机构。
十二卫分掌天下府兵、十二卫大将军为府兵最高将领，皆直接隶属于皇帝。十二卫大将军虽然是从西魏、北周的十二大将军之制演变而来，但是在杨坚手上又有重大改革：一是将禁兵、常备军纳入十二卫系统，通称「禁卫兵」，从而与西魏和北周时期府兵、禁军各自成为一体有所不同。二是把西魏和北周时掌握军队实权的上柱国、柱国、上大将军、大将军、大都督、都督等等职务变成有名无实、高高上在的勋官，实际上是剥夺了他们的军权，从而使天下军队直接由皇帝掌握；虽然这是表面上的军权归中枢、实际并没有将军权全部收回，可却形成了一套完善而高效的军事管理政策，从而使大隋军队体系得到了规范。
这项重大的改革，在当时虽然表面大于实际，但是杨坚对府兵的改革、新体制的建立，却使府兵制和均田制紧密地结合起来，落实了兵农合一，而大隋王朝的武装力量也得到加强；在制度上，也实现了军事统率权集中于皇帝一人的目的，为日后的步步为营打下了基础。而杨坚所打下的政策基础，又被杨广继承和进一步创新。
杨广平定杨谅之乱、坐稳皇帝宝座以后，许多与杨谅眉来眼去的关陇贵族子弟都遭到了清算，而他们的家族生恐杨广对他们算总账，尽皆人心惶惶、惊惶失措，甚至有些人暗中联手，企图用暴力手段与杨广
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