就在陆安在四川忙于安置移民、给忠贞营换装之际，清军也完成第二阶段的后勤准备，开启针对云南的第二波攻势，而李定国亦在贵州布置防御反击。
贵阳失守之后，多尼的中路、吴三桂的北路、赵布泰的南路三路清军顺利会师，贵州大部分都落入清军之手。
而自四月攻占贵阳起，清军在此囤积粮草，历时五月之久才备好第二批攻势的物资储备。
十月初五，多尼于平越杨老堡召集军事会议，吴三桂、赵布泰、洪承畴尽数参会，终于敲定三路入滇的战略计划。
计划中洪承畴所部中军亲兵营、左右经略标营留守贵阳，负责震慑贵州全境，同时保障大军粮道存储地的安危通畅。
多尼亲领中路主力，由贵阳出发，经关岭、曲靖直扑昆明；北路吴三桂部，从遵义过七星关、乌撒（威宁），攻入云南寻甸；南路赵布泰部进攻昆明东南面。
此时李定国已成功平定孙可望降清引发的后续内乱，但大量部队仍然兵力分散、军心浮动，粮饷供给也十分混乱。
加之贵州的孙可望嫡系驻军降清，向清军泄露滇黔一带明军布防情报，局势愈发不利。
面对清军分批离开贵阳，李定国决定放弃被动防御的方式，尝试主动制造战略机会。
他以招讨大元帅的身份总领军务，制定反攻贵阳、牵制清军三路兵马、收复贵州的作战计划。
他先派遣祁三升等人扼守盘江东岸，驻守鸡公背（贵阳西南），然后让其前锋推进至平坝，兵锋甚至直逼贵阳。
李定国再命李承爵驻守黄草坝（兴义），主动在南面阻挡赵布泰突入云南南部。
李定国本人则坐镇关岭、安庄卫居中调度，意图先击溃多尼中路主力，再收复贵阳；同时令白文选再度出兵七星关，佯攻遵义，以此牵制北路吴三桂后路。
八月，李定国所部陆续展开局部反击与袭扰行动，其先出兵袭扰贵阳周边的青崖城，然而却作战失利被清军击退。
九月至十月，明军在鸡公背、平坝一线和多尼大军反复拉锯，西营部队一度取胜，甚至逼近贵阳城下，然而面对洪承畴嫡系防守城池，始终未能破城。
此时又因大西军内部派系矛盾依旧没有彻底消解，所以李定国麾下虽数万兵马，其中却有大量刚刚收编、忠诚度存疑的孙可望降军。
随着双方战事焦灼，大量孙可望旧将人心动摇，不少部队出现不战而退、临阵投敌的情况，致使明军防线出现战略性崩溃
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